Existe una confusión generalizada entre los alimentos funcionales y el resto de alimentos de consumo ordinario que pretenden tener efectos beneficiosos para la salud, bien por incluir determinados ingredientes bien por eliminarlos. Los ciudadanos confunden también en muchos casos los alimentos funcionales con los alimentos transgénicos, aunque no está del todo claro si en algún momento de la producción ambos podrían coincidir.
